| Subdirección Administrativa de Prestaciones Sociales y Nómina |
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| Subdirección Administrativa para los Recursos Físicos y Financieros |
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| Subdirección Operativa de Investigaciones Fiscales |
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| Subdirección Operativa de Jurisdicción Coactiva |
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| Subdirección Operativa Financiera y Patrimonial |
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| Subdirección Operativa Sector Central Departamental |
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| Subdirección Operativa Sector Descentralizado Departamental |
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| Subdirección Técnica CERCOFIS Cali |
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| Subdirección Técnica CERCOFIS Cartago |
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| Subdirección Técnica CERCOFIS Palmira |
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